Rencana Kinerja Tahunan (RKT) BKIPM Tahun 2016 sebagai salah satu dokumen perencanaan pembangunan karantina ikan dalam jangka waktu satu tahun anggaran yang terdiri dari arah kebijakan, target yang direncanakan akan dicapai KIPM pada tahun anggaran 2016.
Rencana Strategis ini disusun diselaraskan dengan kebijakan pembangunan Kelautan dan Perikanan yang berorientasi pada visi "Mewujudkan sektor kelautan dan perikanan Indonesia yang mandiri, maju, kuat dan berbasis kepentingan nasional", dengan pilar ini misi "Kedaulatan, Keberlanjtan dan Kesejahteraan"